در نرم افزار حقوق و دستمزد رافع، ابتدا مشخصات کامل هر پرسنل از جمله اطلاعات شناسنامه‌ای، قرارداد و توضیح وظایف، وضعیت تاهل،. مدارک و سوابق، نشانی‌ها، مزایای حقوق، نوع بیمه و مالیات مکسوره ثبت و مانده حساب ابتدای دوره مربوط به سند افتتاحیه نیز ثبت می‌شود. سپس، فهرست کاملی از پرسنل ثبت شده در سیستم مشاهده و براساس پارامترهای معرفی شده مرتب می‌شوند. مراکز بیمه مرتبط با واحدهای زیرمجموعه یک بنگاه اقتصادی به صورت پارامتریک ثبت می‌شوند و جدول ضرائب مالیاتی حقوق نیز به صورت پارامتریک تنظیم می‌شود. کلیه آیتم‌های مزایای حقوق که می‌توانند درصدی از حقوق یا مبلغ ثابت ماهیانه داشته باشند. به صورت پارامتریک ثبت می‌شوند و ارتباط با سرفصل‌های حسابداری برقرار می‌کنند. همچنین، آیتم‌های کسورات و اضافات قانونی، توافقی یا قراردادی حقوق نیز ثبت می‌شوند و ارتباط با سرفصل‌های حسابداری برقرار می‌کنند.

ضمنا در نرم افزار حقوق و دستمزد رافع، مستندات حقوق و دستمزد به دقت مشاهده می‌شود و کارکرد ماهانه پرسنل ثبت می‌شود. همچنین، عملیات پرداخت مساعده حقوق و وام برای پرسنل نیز به صورت منظم ثبت می‌شود. وام‌های ابتدای دوره پرسنل تنظیم شده و در سند افتتاحیه ثبت می‌شوند. و همچنین وام‌های طی دوره تعیین تعداد اقساط و اولین ماه باز پرداخت وام نیز مشخص می‌شود. سایر کسورات و اضافات حقوق نیز تنظیم می‌شوند و مبالغ پاداش یا جریمه در انتهای فیش حقوقی ثبت و در فیش حقوقی چاپ می‌شود. عملیات پرداخت حقوق از طریق تسویه نقد، چک شرکت، واریز به حساب بانکی، خرج چک اشخاص و سایر روش‌ها انجام می‌شود و فیش‌های حقوقی با فرمت قانونی و مصوب صادر می‌شوند. همچنین، دیسکت بیمه جهت ارائه به شعب بیمه تامین اجتماعی نیز تهیه می‌شود.